L’idée du label Village Patrimoine est due à Willy Missonier, chargé de mission culture et patrimoine au sein des Pays de la Baie du Mont Saint-Michel. Avec cette nouvelle appellation, il souhaite accompagner les plus petites communes de son territoire dans la reconnaissance et la mise en valeur de leur patrimoine, qu’il soit matériel ou immatériel.
A cette époque déjà, une place forte est accordée aux habitants : héritiers directs de ce patrimoine, ils se doivent aussi d’en être les acteurs principaux, en tant que porteurs et diffuseurs de celui-ci.
Très rapidement, le label prend de l’ampleur. En l’espace de trois ans, 23 villages du Sud-Manche rejoignent l’opération. Et en 2009, l’appellation s’exporte vers le nord de la France avec les premiers Villages Patrimoine du Nord-Pas-de-Calais : le label devient national.
Malgré les chamboulements liés aux lois territoriales de 2013 et 2015, la structure tient bon et continue à incorporer de nouveaux villages dans son mouvement. Et en 2019, l’Association Nationale Village Patrimoine (ANaVP) est créée : elle obtient un statut juridique l’année suivante avec le dépôt de la marque « Village Patrimoine », officiellement protégée.